因园内“林有竹万，竹下多怪石，状如狻猊（狮子）者”，又因天如禅师惟则得法于浙江天目山狮子岩普应国师中峰，为纪念佛徒衣钵、师承关系，取佛经中狮子座之意，故名“师子林”、“狮子林”。亦因佛书上有“狮子吼”一语（“狮子吼”是指禅师传授经文），且众多假山酷似狮形而命名。天如禅师谢世以后，弟子散去，寺园逐渐荒芜。明洪武六年（1373年），73岁的大书画家倪瓒（号云林）途经苏州，曾参与造园，并题诗作画（绘有《狮子林图》）。清乾隆初，寺园变为私产，与寺殿隔绝，名涉园，因园内有五棵松树，故又称五松园。1917年为颜料买办商人贝润生购得，经9年修建、扩建，仍名狮子林（园东为贝氏家祠、族学和住宅）。明万历十七年（1589年），明姓和尚托钵化缘于长安，重建狮子林圣恩寺、佛殿，再现兴旺景象。至康熙年间，寺、园分开，后为黄熙之父、衡州知府黄兴祖买下，取名“涉园”。1703年2月11日清康熙巡游至此，赐额“狮林寺”，后清乾隆皇帝六游狮子林，先后赐“镜智圆照”、“画禅寺”及现存“真趣”等额匾。清乾隆三十六年（公元1771年），黄熙高中状元，精修府第，重整庭院，取名“五松园”。至清光绪中叶黄氏家道衰败，园已倾圯，唯假山依旧。1917年，上海颜料巨商贝润生（世界著名建筑大师贝聿铭的叔公）从民政总长李钟钰手中购得狮子林，花80万银元，用了将近7年的时间整修，新增了部分景点，并冠以“狮子林”旧名，狮子林一时冠盖苏城。贝润生原准备筹备开放，但因抗战爆发而未能如愿。1945年贝润生病故后，狮子林由其孙贝焕章管理。解放后，贝氏后人将园捐献给国家，苏州园林管理处接管整修后，于1954年对公众开放。1955年，狮子林祠堂建筑大部分为文化部门使用。1963年3月20日，狮子林被公布为苏州市文物保护单位。1966年5月，“文革”开始。十年“文革”中，狮子林曾一度改名为“朝阳公园”。1967年一度曾停止开放。1973年4月，又恢复原名称。1975年，苏州市园林管理处用3万元人民币，买下了苏州市长风厂招待所内原郑氏家属所有的楠木姐妹厅，将其中朝南的厅移建在原荷花厅位置上，改名为花篮厅。1982年3月，狮子林被公布为江苏省文物保护单位。1988年5月，在原贝氏族校内的苏州工艺美校搬迁结束；6月狮子林接管，共计面积1360平方米。1997年12月，苏州市园林管理局举行新闻发布会，宣布狮子林被列入申报世界文化遗产增补名单。1999年10月，狮子林新的“百年紫藤架”正式对游客开放。2000年8月，因“见山楼”危情显现，同时该建筑的水泥外墙与元代园林及周围建筑不协调，为保持园内风格的统一，拟在维修中对见山楼作部分变动”。2000年9月，江苏省文化厅以苏文物【2000】54号文批复同意进行维修。12月底，见山楼经过改建工程完成。2000年11月，在澳大利亚凯恩斯举行的联合国教科文组织第24届世界遗产委员会会议上，狮子林等五处园林被正式批准列入《世界文化遗产名录》。2001年4月，狮子林照墙南墙上新增从北京圆明园遗址拓下的乾隆手书“狮子林”题字。2002年4月，倪云林（倪瓒）“狮子林图”书条石镶嵌在真趣亭北长廊的东侧。2003年11月，世界建筑大师贝聿铭先生两次来到狮子林，为狮子林题写了“石品洞天狮子林”七个字。2004年4月，狮子林获国家AAAA级旅游景区的标牌。2004年6月，狮子林历史陈列馆正式开馆。